仓库保管人员的工资计入管理费用，不影响存货成本，选项A错误；制造费用是一项间接生产成本，影响存货成本，选项B正确；未使用管理用固定资产计提的折旧计入管理费用，不影响存货成本，选项C错误；采购运输过程中因自然灾害发生的损失计入营业外支出，不影响存货成本，选项D错误。