车船税的部分法定减免项目：

①捕捞、养殖渔船(选项B)；

②军队、武装警察部队专用的车船；

③警用车船(选项A)；

④自2012年1月1日起，对节约能源的车辆，减半征收车船税；对使用新能源的车辆，免征车船税。使用新能源的车辆包括纯电动汽车、燃料电池汽车和混合动力汽车。纯电动汽车、燃料电池汽车不属于车船税征收范围(选项D)，其他混合动力汽车按照同类车辆适用税额减半征税。

⑤省、自治区、直辖市人民政府根据当地实际情况，可以对公共交通车船，农村居民拥有并主要在农村地区使用的摩托车、三轮汽车和低速载货汽车定期减征或者免征车船税。因此，本题中，公司拥有的摩托车应当征收车船税(选项C正确)。