城乡规划行政主管部门败诉的原因是，该部门做出的行政处罚行为不符合《中华人民共和国行政处罚法》第四十二条“行政机关做出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利，当事人要求听证的，行政机关应当组织听证”的规定。

城乡规划行政主管部门应按照《中华人民共和国行政处罚法》的规定对该科研单位的违法建设行为举行处罚。告知有关程序，并按照《城乡规划法》的有关规定对该单位的违法建设行为进行处罚，同时建议该单位的上级单位对有关责任人行政处分。

[解析] 例题的第一句话“某市城市规划区的东南部，按照批准的总体规划方案，有一约60hm²的城市规划绿地”，说明了建设项目的位置是在城市规划区的东南部，用地性质为规划绿地。

例题的第二句话“某科研单位与当地村委会签订协议，在规划绿地内(现为耕地)占用3hm²土地建设住宅，补偿费用1000万元”，说明了建设项目是在规划绿地内占用3hm²耕地进行建设。

例题的第三句话“一年后建成多层住宅5栋，建筑面积25000m²”，说明了该工程已竣工，由于没有取得建设工程规划许可证而构成了违法建设。

例题的第四句话“该科研单位在分房过程中，有职工向城乡规划行政主管部门举报该科研单位领导搞违法建设，要求查处”，说明了该违法建设是通过知情人举报才被发现的，估计是由于分房不均引起的打击报复行动，对答题没有太多帮助。

例题的第五句话“经查后，城乡规划执法人员认为，该科研单位和村委会对农村集体土地进行变相买卖，违法侵占耕地，同时也未报城乡规划行政主管部门审批，没有办理建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，即行占地、建设，属违法建设行为，且侵占规划绿地，严重影响城市规划，违法事实清楚，不用再找当事人调查”，说明了城乡规划执法人员调查和处理的过程，其中违法建设和违法占地的事实清楚，但是“不用再找当事人调查”的字样应该引起考生的警觉，因为在例题中一般用陈述句说明例题的内容和要求，出现否定句的目的往往是为了强调，因此稍加思索就应该明白，这是说明应该找当事人进行调查。

例题的第六句话“于是，根据《城乡规划法》第六十四条规定，对违法建设作出予以没收的行政处罚决定，并经部门领导批准发出了行政处罚决定书”，说明的是城乡规划行政主管部门的处罚依据和具体的行政行为，其中应该注意行政处罚的决定是没收，这是比较重的处罚。

例题的第七句话“送达后，科研单位不服该行政处罚，向人民法院提起诉讼，经法院审理，判决城乡规划行政主管部门败诉”，说明了城乡规划行政主管部门所进行的行政处罚行为经法院判决败诉的事实，同时，提醒考生例题涉及了行政诉讼的问题，有可能涉及《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国行政处罚法》和《中华人民共和国行政诉讼法》的有关内容。

例题的第八句话“试分析：败诉的原因是什么?城乡规划行政主管部门应当如何正确处理此案?”，这是例题要求回答的问题，第一是城乡规划行政主管部门败诉的原因，第二是正确处理的依据，这两个问题是连带的，如果能够知道第一个问题的答案，也就能答出第二个问题。我们知道造成城乡规划行政主管部门在行政诉讼中败诉的原因不外乎有两个，其一是程序违法，其二是依据违法，通过审题我们发现，该城市规划行政主管部门的依据是符合《中华人民共和国城乡规划法》的，但是，按照《中华人民共和国行政处罚法》第四十二条的规定，行政机关做出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利，当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。再看例题的第五句话中“不用再找当事人调查”的字样，我们就得到了例题的答案。