【正确答案】(1) 海滨市人民检察院的第一次退回补充侦查不合法。依据《人民检察院刑事诉讼规则》第246条第4款的规定：“共同犯罪的部分犯罪嫌疑人在逃的，应当要求公安机关在采取必要措施保证在逃的犯罪嫌疑人到案后另案移送审查起诉，对在案的犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。”故本案中犯罪嫌疑人凌某一人在逃，不应影响全案审查起诉的进行，海滨市人民检察院应当就已在案的犯罪嫌疑人审查起诉，而不应将该案退回补充侦查。
   (2) 海滨市人民检察院采用电话方式听取被害人胡某及其诉讼代理人的意见是错误的。《人民检察院刑事诉讼规则》第252条规定：“直接听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见有困难的，可以向被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人发出书面通知，由其提出书面意见，在指定期限内未提出意见的，应当记明笔录。”故本案人民检察院应当要求被害人胡某及其诉讼代理人提供书面意见。
   (3) 人民检察院对发现有刑讯逼供行为的处理不当。依据《人民检察院刑事诉讼规则》第265条的规定，检察机关在审查起诉中发现侦查人员有刑讯逼供行为的，应当要求另行指派侦查人员重新调查取证，公安机关未另行取证的，检察机关可以将案件退回公安机关补充侦查。本案中公安机关仅以工作说明代替补充取证，而检察机关也未继续要求重新取证，在程序上有瑕疵。
   (4) 人民检察院对犯罪嫌疑人凌某与董某的处理决定不适当。《人民检察院刑事诉讼规则》第262条规定：“对于公安机关移送审查起诉的案件、发现犯罪嫌疑人没有违法犯罪行为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关处理；发现犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关并建议公安机关重新侦查。如果犯罪嫌疑人已经被逮捕，应当撤销逮捕决定，通知公安机关立即释放。”本案中检察机关认定凌某没有犯罪行为，根据该条规定，应当将本案凌某的案卷部分退回公安机关处理。《人民检察院刑事诉讼规则》第279条规定：“人民检察院对案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定。具有下列情形之一的，可以确认犯罪事实已经查清：……(三)无法查清作案工具、赃物去向，但有其他证据足以对被告人定罪量刑的；……”本案中董某的作案工具虽然没有找到，但有其他证据证明其进行了犯罪行为，人民检察院就应当作出起诉决定。至于董某的真实身份、住址未查清，也不是暂时不予起诉的合法理由。