职能制有多个命令源，矩阵制有两个命令源，可能对基层监理人员产生矛盾命令。但是，直线职能制克服了职能制的缺陷，职能部门是直线指挥人员的参谋，他们只能对指挥部门进行业务指导，而不能对指挥部门直接进行指挥和发布命令，因此不会产生矛盾命令。