鉴定药材的真实性、纯度和品质优良度的最佳方法是
基原鉴定
水分测定
有害物质检测
理化鉴定
灰分测定
解析：鉴定药材的真实性、纯度和品质优良度的最佳方法是理化鉴定，故选D。此题易错选A，鉴定药材的真实性、纯度和品质优良度的最佳方法不是基源鉴定。