【正确答案】(1)免疫共沉淀(CoIP)实验的原理与过程 ①免疫共沉淀(CoIP)实验的原理 免疫共沉淀(CoIP)技术的核心是通过抗体来特异性识别候选蛋白。当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留下来。如果用蛋白质X的抗体(多抗或标签抗体)免疫沉淀X，在体内与X结合的蛋白质Y也能被沉淀下来。 ②免疫共沉淀(CoIP)实验的过程 a.将靶蛋白的抗体通过亲和反应连接到固体基质上； b.将可能与靶蛋白发生相互作用的待筛选蛋白加入反应体系中； c.用低离心力沉淀或微膜过滤法在固体基质和抗体的共同作用下将蛋白复合物沉淀到试管的底部或微膜上； d.若靶蛋白与待筛选蛋白发生了相互作用，待筛选蛋白质就通过靶蛋白与抗体和固体基质相互作用而被分离。 (2)免疫共沉淀(CoIP)的优缺点 ①优点 a.参与相互作用的蛋白处于天然状态； b.蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，避免了人为的影响，符合体内实际情况，得到的蛋白可信度高； c.分离得到的蛋白复合物是天然状态的； d.在体内捕获转录因子和靶基因的相互作用，快速提供一种或多种基因的调控机制。 ②缺点 a.灵敏度不高，检测不到低亲和力和瞬时的蛋白质-蛋白质相互作用； b.相互作用的蛋白质需要第三者作为中间桥梁； c.方法存在冒险性，必须在实验前预测目的蛋白，以选择检测的抗体，若预测不正确，实验就得不到结果； d.需要特殊修饰标签的高度特异性抗体。 (3)酵母双杂交系统的优缺点 ①优点 a.步骤简单，不用纯化蛋白质，只需单一步骤的质粒构建； b.在活细胞中进行检测，结果真实性高； c.检测灵敏度高，可检测存在于蛋白质之间的微弱的作用和瞬时作用； d.检测范围广，可采用不同组织、器官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库来分析不同部位、不同细胞蛋白。 ②缺点 a.检测的蛋白间的相互作用定位于细胞核内，而许多蛋白间的相互作用依赖于翻译后加工如糖基化、二硫键形成等在核内无法进行； b.限制了某些细胞外蛋白和细胞膜受体蛋白等的研究，并不适用于所有蛋白质； c.存在“假阳性”现象，即未能与诱饵蛋白发生作用而被误认为是阳性反应的蛋白； d.在酵母菌株中大量表达外源蛋白将产生毒性作用，从而影响菌株生长和报告基因的表达。