公共行政决策在公共行政和解决公共问题上起着重要作用。同样，公共决策也是解决公共问题的重要方式。因此，人们常常将"公共行政决策"和"公共决策"这两个概念混同使用。这是一种错误的看法。
在市场经济条件下，存在着两种基本决策类型：一种是市场决策(私人决策)，另一种是非市场决策(公共决策)。市场决策解决私人之间商品交易的问题，公共决策要解决的问题是市场(通过市场交易方式)解决不了的事情。公共决策的主体既包括公共权力部门和占据合法职位的官员，也包括一般的社会组织、中介组织。但是，公共行政决策的主体只是公共权力部门和占据合法职位的官员，不包括一般的社会中介组织。在西方发达国家，社会中介组织比较发达，公共决策在解决公共问题时起着重要的作用。而在中国，公共行政决策在解决公共问题时起重要作用，公共决策只是起辅助作用。
虽然公共行政决策的对象主要是公共问题，但并非所有的公共问题都经由公共行政决策解决，有些公共问题可以通过社会中介组织解决。理解公共行政决策与公共决策的区别，才不致于抹杀社会中介组织在处理公共问题中所起的作用，有助于促进社会中介组织在我国的发展。