外毒素与内毒互的主要区别在于 6 个方面：
(1)存在部位。 外毒素由活有细菌释放至细菌体外， 内毒素则为细胞壁结构成分， 菌体崩解后释出。
(2)细菌种类。 外毒素以阳性菌多见， 内毒素则为革兰阴性菌。
(3)化学组成。 外毒素为蛋白质， 内毒素为脂多糖。
(4)稳定性。 外毒素不稳定， 60-80 摄氏度以上能迅速破坏。 内毒素耐热， 160 摄氏度， 2-4小时被破坏。
(5)毒性作用。 外毒素的毒性作用强， 内毒素的毒性作用稍弱。
(6)抗原性。 外毒素抗原性强， 可刺激机体产生高效价的抗毒素， 经甲醛处理可脱毒成为类毒素。 内毒素刺激机体产生抗体， 不能经甲醛处理成为类毒素。