【正确答案】 B

【答案解析】 根据《刑法》第204条的规定，骗取出口退税罪是指以假报出口或者其他欺骗手段，骗取国家出口退税款，数额较大的行为。甲公司明知他人意欲骗取国家出口退税款，仍违反国家规定帮助他人报关的行为已构成本罪。A正确。根据《刑法》第205条的规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票又骗取国家税款，数额特别巨大，情节特别严重，给国家利益造成特别重大损失的，构成结果加重犯，而不数罪并罚。故B错误，D正确。《刑法》第204条第2款规定，纳税人缴纳税款后，采取前款规定的欺骗方法，骗取所缴纳的税款的，依照第201条(逃税罪)的规定定罪处罚，骗取税款超过所缴纳的税款部分，依照骗取出口退税罪的规定处罚。因此C选项正确。故本题答案为B。