不得作为医疗机构制剂申报的品种包括：(1)市场上已有供应的品种，故D错误；(2)含有未经国家药品监督管理部门批准的活性成分的品种；(3)除变态反应原外的生物制品；(4)中药注射剂，故B错误；(5)中药、化学药组成的复方制剂，故C错误；(6)麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品。A项溴化钾苯甲酸钠咖啡因合剂属于临床使用前制备的制剂，市场上没有销售，可作为医疗机构制剂申报。故选A。