国家重大项目稽察特派员的主要职责有：

(1)稽察建设项目的资金筹措使用情况和项目财务账目，监督项目按国家规定的开工建设条件和批准的建设规模、内容、标准、进度、投资总量和工程质量要求进行建设；

(2)根据国家对重大项目建设管理的有关规定，监督检查项目招标、投标工作，保证项目招标、投标的公开、公正与公平；

(3)根据国家批准的有关文件，对建设项目的投资概算、预算和决算进行监督检查；

(4)负责对项目管理班子的领导能力和业绩进行评价，提出评价报告、任免和奖惩建议。