【正确答案】 A

【答案解析】 根据我国现行宪法和相关组织法的规定，有权进行行政区划的部门包括全国人大、国务院和省、自治区、直辖市的人民政府。而根据《中华人民共和国行政区域边界争议处理条例》第六条的规定，“民政部门是国务院处理边界争议的主管部门。县级以上的地方各级人民政府的民政部门是本级人民政府处理边界争议的主管部门”。可见，行政区域边界争议的主管部门与有权进行行政区域划分的机关并不相同，前者只是人民政府的一个职能部门即民政部门。故本题选A。