除了遵循一般公司在组织上的精简、效能原则外，工程咨询公司在组织机构设立时还应考虑以下几个因素：

(1)有一个职能化系统，便于实行专业分丁；

(2)确定工作联络关系，有利于部门与人员协同工作；

(3)由于工程项目建设周期相对于生产周期要短得多，应采用某种临时项目组织的方法来完成项目；

(4)由于业务量的临时变化、工作变更或工作计划的改变，因此组织机构要有一定的灵活性；

(5)同时多个项目组织的存在与公司各部门保持密切的合作关系；

(6)完善的公司业务与后勤支持系统。