内膜系统是指在结构、功能乃至发生上相互关联、由单层膜包被的细胞器或细胞结构。主要包括内质网、高尔基体、溶酶体、胞内体和分泌泡等。内膜系统的各区室之间通过生物合成、蛋白质修饰与分选、膜泡运输和各种质量监控机制维系其系统的动态平衡。