预付款担保的主要作用在于保证承包人能够按合同规定进行施工，偿还发包人已支付的全部预付金额。如果承包人中途毁约，中止工程，使发包人不能在规定期限内从应付工程款中扣除全部预付款，则发包人作为保函的受益人有权凭预付款担保向银行索赔该保函的担保金额作为补偿。

投标担保的主要作用是要确保投标人在投标有效期内不要撤回投标书，以及投标人在中标后保证与业主签订合同并提交业主所要求的履约担保、预付款担保等。