(1)实践指导思想的差别。
1868年，倒幕派建立资产阶级联合执政的明治政府，为抵御外患、富国强兵，实施了一系列改革，史称“明治维新”，其指导思想是“文明开化”和“和魂洋才”。洋务运动时期虽然名义上有清政府的各项政令及总理衙门的管理，但实际上只是李鸿章等人在地方上的各自为政，兴办“洋务”，以扩大自己的势力，但力量分散，难以对清政府的统治构成威胁。改革中，政治领导集团并没有彻底的决心和勇气，在改革上处于两难境地，一方面在内忧外患的情况下必须改革，另一方面又必须巩固原有的体制，以至于难以形成坚强的领导核心。
(2)具体实施的差别。
①1871年，明治政府在中央设立文部省，主管全国的文化教育事业；1872年颁布《学制令》，在确立教育领导体制的基础上，建立全国的学校教育体制，规定全国实行中央集权式的大学区制。此时洋务运动在政治上则毫无建树，根本没有触动封建专制制度，尤为重要的是政府的腐败日趋严重。
②1879年颁布的《教育令》，将普及初等教育的年限缩短为4年。1886年颁布的《小学令》，又根据国力承受水平把初等教育受教育年限规定为8年，分两段实施，前4年为寻常小学阶段，实施义务教育；后4年为高等小学阶段，实行收费制。而洋务派虽然也很重视教育改革，设立了外国语学堂、军事学堂和技术学堂等30多所学校，但是始终没有统一的学制来对教育进行管理，没有触及封建专制及其相关联的封建教育制度，改革流于形式，新式学堂没有得到发展。
总的来说，日本通过改革使得封建教育向近代资本主义教育转变。但明治维新自上而下进行，带有很大的不彻底性，使得日本近代资本主义教育的发展从一开始就带有浓厚的封建主义和军国主义的色彩。中国的洋务运动则是一场封建地主阶级的自救运动。