计算速动比率时要把存货从流动资产中剔除的主要原因为：(1)在流动资产中存货的变现速度最慢；(2)由于某种原因，部分存货可能已损失报废还没做处理； (3)部分存货已抵押给某债权人；(4)存货估计还存在着成本与合理市价相差悬殊的问题。因此，答案为D。