【正确答案】 D

【答案解析】解析：数据库应用系统设计的四个层次分别为： ①表示层； ②业务逻辑层； ③数据访问层； ④数据持久层。 在这四个层次中，数据持久层的设计工作属于数据组织与存储等方面的物理设计内容，而索引设计属于物理设计阶段。因此，索引设计是在数据持久层上的设计。