申请设立工程咨询有限责任公司登记需提交的文件、证件包括：公司董事长签署的设立机构登记申请书；指定(委托)书；公司章程；具有法定资格的验资机构出具的验资证明；股东的法人资格证明或自然人身份证明；公司法定代表人任职文件和身份证明；公司名称预先核准通知书；公司住所证明。