解析：选项A，建设期间发生的工程物资盘亏的净损失(非自然灾害原因导致)会增加在建工程成本；选项B，在建工程试运行收入，应当冲减在建工程项目成本；选项C，因自然灾害等原因造成的在建工程净损失，计入营业外支出，同时冲减在建工程成本，会减少在建工程项目成本；选项D，在建工程项目取得的财政专项补贴，属于与资产相关的政府补助，总额法核算下，收到时计入递延收益，自相关资产达到预定可使用状态时起，摊销计入其他收益，不影响在建工程项目成本。