营养不良最常见的并发症为营养性贫血，主要与造血所需要的原料缺乏有关；干眼症主要由维生素A缺乏所致；由于免疫功能低下，可并发上呼吸道感染、鹅口疮、中耳炎、肺炎、肠炎、肾盂肾炎等多种感染；有时可发生自发性低血糖。自发性低血糖可导致患儿突然死亡。