保证tRNA和mRNA正确配对的三种机制分别为：密码子机制、碱基互补配对原则和摆动假说。

（1）密码子机制

mRNA上每3个核苷酸翻译成蛋白质多肽链上的一个氨基酸，这3个核苷酸称为密码，又称三联子密码即密码子。翻译时从起始密码子AUG开始，沿着mRNA5＇→3＇的方向连续阅读密码子，直至终止密码子为止，生成一条具有特定序列的多肽链—蛋白质。新生的多肽链中氨基酸的组成和排列顺序取决于其DNA的碱基组成及其顺序。

（2）碱基互补配对原则

在蛋白质生物合成过程中，tRNA的反密码子在核糖体内是通过碱基的反向配对与mRNA上的密码子相互作用的。

（3）摆动假说

根据摆动假说，在密码子与反密码子的配对中，前两对严格遵守碱基配对原则，第三对碱基有一定的自由度，可以“摆动”。因而某些tRNA可以识别1个以上的密码子。一个tRNA究竟能识别多少个密码子是由反密码子的第一位碱基的性质决定的，反密码子第一位为A或C时只能识别1种密码子，为G或U时可以识别2种密码子，为I时可识别3种密码子。