【正确答案】海关对该公司处罚款人民币5万元，同时决定不予放行涉案货物。
原因：海关经调查认定，A公司实际进口货物与申报不符是由业务人员工作疏忽所致，并无逃避海关监管的主观故意，但该公司涉案行为构成影响国家许可证件管理的申报不实行为，违反海关监管规定，应承担相应法律责任。海关对天盛公司作出行政处罚决定，根据《海关行政处罚实施条例》第十五条第(三)项的规定，对该公司处罚款人民币5万元；同时，因A公司进口国家自动进口许可管理货物，但申报时不能提交自动进口许可证明，海关根据《处罚条例》第十四条的规定，决定不予放行涉案货物。