【正确答案】（1）复议机关是C县政府或者B市环保局。
理由：《行政复议法》第12条第1款规定：“对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。”本案中，C县环境保护主管部门属于县政府的工作部门，造纸厂对C县环境保护主管部门所作出的处罚决定不服，应当向C县政府或者B市环保局申请复议。
（2）可以向复议机关一并提出对该规定进行合法审查。
理由：《行政复议法》第7条第1款规定：“公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为所依据的下列规定不合法，在对具体行政行为申请行政复议时，可以一并向行政复议机关提出对该规定的审查申请：（一）国务院部门的规定；（二）县级以上地方各级人民政府及其工作部门的规定；（三）乡、镇人民政府的规定。”本案中，《关于淮河流域水污染防治的规定》属于A省政府工作部门颁布的除规章以外的其他规定，C县环境保护主管部门依据该规定作出行政行为，造纸厂可以在对罚款申请行政复议的同时，一并提出对该规定进行合法审查。