【正确答案】首先是违反了先调查取证后作出处罚决定的原则。根据《行政处罚法》第30条规定，某税务机关在作出罚款决定前必须先查明A企业的偷逃税事实，不能仅仅根据举报材料就作出处罚决定。其次，违反了告知义务。根据《行政处罚法》第31条规定，某税务机关在作出罚款决定前，应当将罚款决定的事实、理由和证据告知A企业，还应一并告知其享有的陈述、申辩等权利。再次，违反了听证的规定。100万元罚款属于较大数额的罚款，根据《行政处罚法》第42条的规定，某税务机关应当告知A企业有要求举行听证的权利，在其要求听证时，应当组织听证。

【正确答案】由于税务机关作出决定的内容是罚款，按照《税收征管法》的规定，该税收争议属于非纳税上发生的争议。对于非纳税上的争议，纳税人有权不先缴纳罚款或提供相应担保就申请行政复议，本案中的上级税务机关应当受理A企业的行政复议申请。

【正确答案】由于A企业与某税务机关之间的争议不属于纳税上的争议，根据《税收征收管理法》第88条第2款规定，A企业可以不通过申请行政复议而直接向人民法院起诉。在本案中，就某税务机关的执法行为来看，其违反了上述法定程序义务，根据《行政诉讼法》第54条的规定，法院可以判决撤销或者部分撤销某税务机关的罚款决定，并可以判决其重新作出处罚决定。