内部控制评价部门或机构制定评价工作方案，报经董事会或其授权审批后实施，选项A正确。评价工作组可审阅的内部流程文档可能包括风险控制矩阵文档、流程图文档、审批权限表文档，选项B正确。重大缺陷由董事会认定，选项C错误。注册会计师的责任是在实施审计工作的基础上，获取充分、适当的证据，对内部控制的有效性发表意见并提供合理保证，选项D正确。