解析：重大缺陷(也称实质性漏洞)，是指一个或多个控制缺陷的组合。所以，选项A和选项D错误。对于重大缺陷和重要缺陷的整改方案，应向董事会(审计委员会)、监事会或经理层报告并审定。所以，选项B错误。只要存在重大缺陷，内部控制评价报告就不得做出内部控制有效的结论。所以，选项C正确。