《全国主体功能区规划》提出，要推进形成主体功能区，应处理好以下五个方面的重大关系：①主体功能与其他功能的关系；②主体功能区与农业发展的关系；③主体功能区与资源和矿产资源开发的关系；④主体功能区与区域发展总体战略的关系；⑤政府与市场的关系。