【正确答案】以北京市中级人民法院为一审管辖法院。根据行政诉讼法规定，对国务院各部门和省级人民政府具体行政行为不服提起诉讼，由中级人民法院管辖。根据证券法的规定，国务院证券委员会是全国证券市场的主管机构，依照法律、法规的规定对证券发行与交易的具体活动进行管理和监督。因此，证监会应视为国务院的一个部门，对它的具体行政行为不服提起的诉讼，应由中级人民法院管辖。又由于证监会所在地为北京，故应由北京市的中级人民法院管辖。

【正确答案】证券机构应当在2000年6月25日(含当日)前上诉，二审法院才予受理。根据行政诉讼法，当事人不服一审法院判决的，有权在判决书送达之日起15日内向上一级人民法院上诉，逾期未上诉的，人民法院的一审判决发生效力。

【正确答案】二审判决于2000年9月5日生效。

【正确答案】二审法院审结迟延，应在收到上诉状之日起2个月内即最迟于2000年8月6日作出终审判决。

【正确答案】向一审法院申请强制执行，并务必于2001年3月5日(含当日)之前提。出申请。根据行政诉讼法的规定，行政诉讼的当事人可以依法申请第一审人民法院强制执行已生效判决(包括二审判决)。本案中，证券机构可以申请第一审人民法院通知银行从证监会的账户内划拨其未归还的罚款。根据《行政诉讼法若干问题解释》第84条规定，非公民的当事人向第一审人民法院申请执行生效判决、裁定的期限为180天，申请执行的期限以法律文书规定的履行期限的最后一日起计算，法律文书没有规定履行期间的，以法律文书送达当事人之日起计算；逾期申请的，除有正当理由外，不予执行。因此，该证券机构申请法院强制执行，必须在2001年3月5日(含)向第一审人民法院提出申请。