通过银行柜台认购国债的市场属于柜台市场，也就是场外交易市场，不属于场内市场。所以，选项B符合题意。题中的长期国债属于长期金融工具。所以，老百姓通过银行柜台认购凭证式长期国债的市场应属于直接融资市场、一级市场或者资本市场，但不属于场内市场。因此，本题的正确答案为选项B。