碳酸氢钠因释放二氧化碳，可出现呃逆、腹胀和嗳气，引起反跳性胃酸分泌增加。

H₂受体阻断剂常见头晕、嗜睡。少见定向力障碍、意识混乱、男性乳房肿胀、精神异常；偶见血浆泌乳素升高、男性乳房女性化、女性泌乳、阴茎勃起功能障碍、精子数量减少。长期用药可引起胃内细菌繁殖，诱发感染。突然停用可能引起慢性消化性溃疡、穿孔，系胃酸分泌反跳性增加引起。

长期或高剂量使用PPI可引起患者尤其是老年患者髋骨、腕骨、脊椎骨骨折。连续使用3个月以上可导致低镁血症。在停止使用PPI后，血镁水平恢复止常的中位时间为1周。再次使用PPI并再次出现低镁血症的中位时间为2周。但绝大多数都是在使用1年后发生的。