根据《总承包合同示范文本》的规定，当采用按付款计划表申请付款的方式进行进度款支付时，每期付款申请报告中的款项包括( )。
工程进度款的款项类别
当期计划申请付款的金额
预付款的支付及扣减的款项
质量保修金额的暂扣及支付的款项
索赔结果所增减的款项
解析：每期付款申请报告中的款项包括：①当期计划申请付款的金额；②合同价款调整的增减款项；③预付款的支付及扣减的款项；④质量保修金额的暂扣及支付的款项；⑤索赔结果所增减的款项；⑥另行签订的补充协议增减的款项。