【正确答案】 B

【答案解析】[解析] 本题考查的是行政诉讼原告资格。依据《行政诉讼法解释》第十六条规定：“农村土地承包人等土地使用权人对行政机关处分其使用的农村集体所有土地的行为不服，可以自己的名义提起诉讼。”可知A项不正确，B项正确。本案争议是农村土地使用权人认为甲市政府征地批复是违法的，作出具体行政行为的行政机关是甲市政府，因此依据《行政诉讼法》第二十五条规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出具体行政行为的行政机关是被告。”故本案被告为甲市政府，C项错误。D项可以从题干上分析“区政府虽以耕地标准进行了补偿……”意指批地建设行为已经开始实施，因此依据《行政诉讼法解释》第五十八条规定：“被诉具体行政行为违法，但撤销该具体行政行为将会给国家利益或者公共利益造成重大损失的，人民法院应当作出确认被诉具体行政行为违法的判决，并责令被诉行政机关采取相应的补救措施；造成损害的，依法判决承担赔偿责任。”可知本题是作出确认违法的判决，所以D项不正确。故选B。