【正确答案】
D
【答案解析】
[解析]
计算软件的著作权是指作品作者根据国家著作权法对自己创作的作品的表达所享有的专有权利的总和。擅自复制程序代码和擅自销售程序代码伪复制品，是侵害软件权人的著作权的行为。如果某公司购买了一个工具软件，在销售该公司开发的软件的同时，向客户提供此工具软件的复制品，这种行为侵犯了著作权，所以第1空的正确选项是B。
参照它们程序的技术设计，独立的编写出表达不同的程序的做法并不侵犯原作者的著作权。但如果在他人程序著作权有效期内，擅自对他们程序进行改编，在整体上与他们程序相似，仍属于侵害他人程序著作权的行为。因此，对别人的源程序中所有标示符全面修改后就作为自己的产品销售，这仍然侵犯了原作者的著作权，所以第2空的正确选项是B。
商标是商品的生产者或经销者为使自己的商品同其他人的商品相互区别而置于商品表面或商品包装上的标志。题中所述的公司甲因对其软件X未及时将其产品注册商标，因此在乙注册前，X并不算是商标。公司乙的行为虽不是光明正大的行为，但是并不构成侵权，所以第3空的正确选项是A。
同仪器设备结合在一起的计算机程序可以作为一项产品发明的组成部分，同整个产品一起申请专利，所以第4空中A说法正确。具有发明创造的计算机软件的技术设计可作为方法发明申请专利，B的说法也正确。在我国，通常将汉字输入计算机的发明创造也作为专利，D的说法正确，所以第4空应该选C。
我国的“反不正当竞争法”指出，商业秘密的拥有者有权制止他人对自己的商业秘密从事不正当竞争的行为。如果一项软件的技术设计没有获得专利权，而且尚未公开，这种技术设计就是非专利的技术秘密，可作为软件开发者的商业秘密，所以第(5)空的正确选项是D。而一项商业秘密一旦被公开，就不再是商业秘密了。