【正确答案】 B、C、D

【答案解析】解析：①《合同法》第339条：“委托开发完成的发明创造，除当事人另有约定的以外，申请专利的权利属于研究开发方。研究开发人取得专利权的，委托人可以免费实施该专利。研究开发人员转让专利申请权的，委托人享有以同等条件优先受让的权利。”②虽然申请专利的权利属于受托人刘某，但甲研究所仍应支付报酬，这它的合同义务。故A选项错误；B选项正确。③根据前述规定，可知C选项正确；D选项正确。由此也可以看出，除了甲负有合同义务之外，甲研究所应支付报酬的正当性基础还在于：刘某获得专利授权后，甲享有免费实施的权利。④题外话：暂时，在中国，软件本身不能申请专利。但是，软件若与计算机键盘相结合或者与其他设备相结合，且符合授权条件的，可以授予专利权。