【正确答案】(1)该外国专家2009年属于我国的居民纳税人，因为该外国专家2009年在境内的时间已经达到了365天，所以应当按照居民纳税人来计算应纳个人所得税。在杭州休假60天，没有离境。在美国出差25天，未达到30天，属于临时离境，在计算境内时间时，不予扣除。
(2)对于外国专家从境内中外合资企业取得的工资收入，应当全额按照“工资、薪金”所得缴纳个人所得税。
对于外国专家在境外取得的专利技术收入和出租房屋租金收入，专利技术和房屋的使用人不在境内，属于境外所得。该外籍专家在境内的时间是1年以上5年以下，所以仅就其来源于中国境内的所得缴纳个人所得税，对于境外的所得不征个人所得税。