【正确答案】 A、B

【答案解析】[解析] 根据《仲裁法》第16条、第17条、第18条和第19条规定，A项中甲乙公司实际上通过后来的补充协议否定了原来的仲裁条款，原条款失效。这属于双方合意废除仲裁条款的情形。B项中同时约定了两种方式，属于约定不明确，而且又没有达成补充协议，因此是无效的。C项中甲公司申请撤诉并被法院允许，效果上相当于没有起诉，因此签订仲裁条款是合法的，属于有效条款。D项合同内容有瑕疵，根据仲裁协议的独立性原则，合同因违犯法律禁止性规定而无效不影响仲裁条款的效力，因此该仲裁协议是有效的。综上本题选A、B。