急性细菌性痢疾的治疗包括抗菌治疗：因志贺菌对抗生素的耐药性逐年增长，并呈多重耐药性，故应根据当地流行菌株的药敏试验或患者大便培养的药敏结果选择敏感抗生素。常用的有喹诺酮类(如诺氟沙星、培氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星)、复方磺胺甲噁唑、阿莫西林、头孢曲松、中药小檗碱。