【答案解析】海事局作为肩负一定社会管理职能的政府部门，一定要正确行使人民赋予的神圣职责，践行科学发展观，严格执法，积极为当地经济建设保驾护航，这样才能不辜负人民群众的期望。然而，A海事局却未能正确地行使管理职责，在工作中存在着一定的偏差。
一是不能正确处理上下级关系。该海事局唯上级领导之命是从，明明领导的要求不符合有关规定，却也听之任之，未尽到部门行使职责应尽的工作责任；
二是在工作中没有严格按照科学规律办事。海事局应该服务当地经济发展的大局固然没错，但是多大的码头停靠多大的船，这是常识性问题，让超出吨位的大船停靠码头，势必造成较大的安全隐患：
三是开展专项整治活动时，进行选择性执法。在执法过程中做到公平、公正，是群众对政府部门的基本要求，但是A海事局执法不规范，不严肃，对违规的大船听之任之，而对小船却采取过于苛刻的处置方式，这样便违背公平、公正的原则。
总之，A海事局在工作中未能完全贯彻科学发展观，严格按照科学规律和公平公正原则办事，一定程度上损害了政府的公信力，容易产生许多不良的后果，从而让自身陷入被动的境地。

【答案解析】针对目前工作中存在的问题，A海事局应该从以下几方面做起：
一是正确处理上下级关系，对领导不合规定的要求不能听之任之。领导从促进当地经济发展的大局出发考虑问题，自然也没有错，但是不能做出违背科学的决定，否则会产生后患。海事局作为专业的职能部门，应该当好领导的参谋助手，向领导陈述清楚利害得失。如果讲清楚问题的严重性，相信领导也会收回成命的。
二是认真贯彻落实科学发展观，严格按照科学规律办事。码头到底能停多大吨位的船，一定要有一个明确的规定；新码头应该如何建设，一定要有一个科学的论证。海事局作为政府职能部门，一定要严格按照科学规律办事，同时也要有工作原则，凡是不符合科学、不符合原则的事，无论是来自于上级领导还是来自于个别企业，不能做的事就坚决不做。
三是坚持公平公正的原则，纠正选择性执法的偏差。对于执法对象，不管大船、小船，都应该一视同仁，凡是违法、违规的船，无论大小都应该按照规定处罚，而不能放过大的，专门去处罚小的。正是由于这种不能公平执法的偏差，才带来了某企业建码头时不按照有关规定办事，而是我行我素的恶果，教训可谓深刻。
总之，A海事局在日常工作中，一定要注意处理好上级与下级、大局与局部、安全与发展等各方面的关系，正确地行使部门的职责，为当地的经济发展和社会各项事业的进步做出应有的贡献。