脂肪酸氧化的方式有β-氧化和特殊氧化方式。特殊氧化方式有:丙酸氧化、a-氧化、ω-氧化、不饱和脂肪酸氧化。脂酰CoA的转移:脂肪酸活化是在胞质中进行的，而催化脂肪酸氧化的酶系又存在于线粒体基质内,故活化的脂酰CoA必须先进入线粒体才能氧化,脂酰CoA进入线粒体基质后,在脂肪酸β-氧化酶系催化下,进行脱氢、加水、再脱氢及硫解4步连续反应,最后使脂酰基断裂生成1分子乙酰CoA和1分子比原来少了2个碳原子的脂酰CoA。因反应均在脂酰CoA烃链的α、β碳原子间进行,最后β碳被氧化成酰基,故称为β-氧化。