城市排水工程系统总体规划内容除选项A、B外，还包括：确定排水制度，进行排水管、渠系统规划布局，确定雨、污水主要泵站数量、位置，以及水闸位置，确定污水处理厂数量、分布、规模、处理等级以及用地范围，提出污水综合利用措施。选项C属于城市排水系统详细规划内容，选项D和E是分区规划内容。