【正确答案】 A、B、C、E

【答案解析】解析：体系文件包括管理手册、程序文件、作业文件三个层次，作业文件是管理手册和程序文件之外的文件，包括A选项的操作规程、B选项的管理规定、C选项的监测准则和E选项的程序文件引用的表格。所以选项A、B、C、E正确。