【正确答案】 B、D

【答案解析】 《专利审查指南2010》第一部分第一章第6.7.2.2节规定，对于发明或者实用新型专利申请(或专利)，转让方是中国内地的个人或者单位，受让方是外国人、外国企业或者外国其他组织的，应当出具国务院商务主管部门颁发的《技术出口许可证》或者《自由出口技术合同登记证书》，或者地方商务主管部门颁发的《自由出口技术合同登记证书》，以及双方签字或者盖章的转让合同。本题中，中国甲公司将其专利申请权转让给美国乙公司，应当在国务院商务主管部门或者地方商务主管部门办理相关手续，而不是报经国务院专利行政部门进行保密审查，因此，选项A错误。根据专利法第十条第三款的规定，转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。选项BD正确，选项C错误。