选项A，已向或拟向治理层通报的值得关注的内部控制缺陷，应当及时向管理层通报，除非在具体情况下不适合直接向管理层通报；选项C，对于审计中发现的重大问题，如果根据职业判断认为采用口头形式沟通不适当，注册会计师应当以书面形式与治理层沟通；选项D，注册会计师应当就其独立性，以书面形式与治理层沟通。