细菌性肝脓肿与阿米巴性肝脓肿最主要的临床鉴别依据是
血液学检查
大便检查
脓肿穿刺
B超
CT
解析：细菌性肝脓肿脓液多为黄白色脓液，涂片和培养有细菌。阿米巴性肝脓肿脓液呈巧克力色，无臭味，可找到阿米巴滋养体。