首先应该确认污水的COD和BOD5是否有代表性，尽管COD测定中要加硫酸汞来隐蔽氯离子，如氯浓度过高还是会使测定结果高于实际值，氯离子高对BOD5也有干扰，使测定结果大大低于实际值。
目前废水平均的氯离子浓度要使微生物通适应是有难度的，如果通过驯化能适应，也要有较大容量的废水调节池，使进入生化装置污水的含氯浓度尽可能稳定。因为经驯化后的微生物能适应高的氯离子浓度，但氯离子的浓度波动大也不行的。