多选题关于增值税纳税申报代理，下列说法正确的有( )。

A、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证之后3个月内按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额
B、增值税一般纳税人在申报抵扣2003年11月1日起取得的运输发票增值税进项税额时，应向主管国家税务局填报《增值税运输发票抵扣清单》纸质文件及电子信息，未填报的，其进项税额不得抵扣
C、已抵扣进项税额的购进货物，如果因自然灾害而造成损失，应将损失货物的进项税额从当期发生的进项税额中扣减
D、 2004年2月1日以后开具的海关完税凭证及废旧物资发票，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束后10日内向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣
E、因进货退出收回的增值税额，应从发生进货退出当期的进项税额中扣减

【正确答案】 B、C、E

【答案解析】