解析：新生儿应用四环素类(D)抗菌药物后，会出现齿及骨骼发育不良，牙齿黄染；其余选项氯霉素(A)应用后会引起灰婴综合征，磺胺药(B)和万古霉素(E)应用后会引起脑性核黄疸，氨基糖苷类(C)应用后会引起肾、耳毒性。故本题答案应选D。