【正确答案】 D

【答案解析】选项D，注册会计师与治理层沟通的内部控制缺陷应为根据注册会计师的职业判断认为足够重要从而值得治理层关注的，并非所有内部控制缺陷。选项A属于注册会计师与财务报表审计相关的责任，选项B属于与治理层沟通的注册会计师的独立性，选项C属于审计中发现的重大问题中的审计工作中遇到的重大困难。